Пунктом 1 статьи 284.1 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс)
установлено, что организации, осуществляющие медицинскую и (или) образовательную деятельность в соответствии с законодательством Российской Федерации, вправе применять по налогу на прибыль организаций налоговую ставку 0 процентов при соблюдении условий, установленных этой статьей. При этом условия, позволяющие применять налоговую ставку в размере 0 процентов для медицинских организаций, указаны в пункте 3 статьи 284.1 Кодекса.
Одновременно пунктом 6 статьи 284.1 Кодекса установлено дополнительное требование к организациям, осуществляющим медицинскую деятельность: по окончании каждого налогового периода, в течение которого такие организации применяют налоговую ставку 0 процентов, и в сроки, установленные главой 25 Кодекса для представления налоговой декларации, указанные организации должны представлять в налоговый орган сведения о доле доходов организации от осуществления медицинской деятельности в общей сумме доходов организации, учитываемых при определении налоговой базы в соответствии с главой 25 Кодекса, сведения о численности работников в штате организации, а также сведения о численности медицинского персонала, имеющего сертификат специалиста.При непредставлении в установленные сроки сведений, указанных в пункте 6 статьи 284.1 Кодекса, в налоговый орган по месту нахождения налогоплательщика с начала налогового периода, данные за который не были представлены в установленном порядке, применяется налоговая ставка, установленная пунктом 1 статьи 284 Кодекса (20 процентов). При этом сумма налога подлежит восстановлению и уплате в бюджет в установленном порядке с взысканием с налогоплательщика соответствующих сумм пеней, начисляемых со дня, следующего за установленным статьей 287 Кодекса днем уплаты налога (авансового платежа по налогу).
Пунктом 8 статьи 284.1 Кодекса установлено, что организации, применявшие налоговую ставку 0 процентов в соответствии со статьей 284.1 Кодекса и перешедшие на применение налоговой ставки, установленной пунктом 1 статьи 284 Кодекса (20 процентов), в том числе в связи с несоблюдением условий, установленных пунктом 3 статьи 284.1 Кодекса, не вправе повторно перейти на применение налоговой ставки 0 процентов в течение пяти лет начиная с налогового периода, в котором они перешли на применение налоговой ставки, установленной пунктом 1 статьи 284 Кодекса (20 процентов).
Таким образом, пунктом 8 статьи 284.1 Кодекса установлено ограничение права на повторное применение ставки 0 процентов только в том случае, когда организация применяла налоговую ставку в размере 0 процентов, а потом перешла на применение налоговой ставки в размере 20 процентов.
При этом в случае несвоевременного представления сведений, указанных в пункте 6 статьи 284.1 Кодекса, по итогам налогового периода, в котором организация рассчитывала применить налоговую ставку 0 процентов, ограничения, установленные пунктом 8 статьи 284.1 Кодекса, не подлежат применению, поскольку в рассматриваемой ситуации сумма налога на прибыль организаций подлежит восстановлению и уплате в бюджет по ставке, установленной пунктом 1 статьи 284 Кодекса, с первого числа этого налогового периода, а следовательно, налоговая ставка 0 процентов такой организацией в этом налоговом периоде фактически не применялась.
Организации, изъявившие желание применять налоговую ставку 0 процентов в соответствии с настоящей статьей, не позднее чем за один месяц до начала налогового периода, начиная с которого применяется налоговая ставка 0 процентов, подают в налоговый орган по месту своего нахождения заявление, копии лицензии (лицензий) на осуществление образовательной и (или) медицинской деятельности, выданной (выданных) в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Позиция Минфина России по данному вопросу отражена в письме от 10.11.2014 № 03-03-10/56596
Отдел работы с налогоплательщиками
Межрайонной ИФНС России №12 по Ростовской области